Sanader je optužen da je novac uzeo dok je bio na funkciji zamenika ministra spoljnih poslova 1994. i 1995. godine.
Posle sprovedene istrage, Kancelarija za borbu protiv korupcije i organizovanog kriminala (USKOK) podigla je optužnicu pred Županijskim sudom u Zagrebu zbog zloupotrebe položaja i ovlašćenja, objavilo je Državno tužilaštvo Hrvatske na svojim internet stranicama.
Sanader se tereti da je od kraja 1994. godine do marta 1995, u Zagrebu i Austriji, kada je Hrvatska zbog ratnog stanja, visoke inflacije i izuzetno visokih kamatnih stopa na kredite u zemlji teško pronalazila banke kod kojih bi se kreditno zadužila, koristeći teško stanje u kojem se zemlja nalazila zbog oružane agresije, iskoristio svoj položaj i ovlašćenja.
U USKOK-u tvrde da je Sanader u cilju pribavljanja znatne imovinske koristi za sebe, za učešće u pregovorima o zaključivanju ugovora o kreditu sa Hipo bankom i kao protivuslugu za plasman navedene banke na hrvatsko tržište, dogovorio isplatu provizije u gotovini od sedam miliona austrijskih šilinga.
Navedeni iznos mu je u celosti isplaćen nakon što je između Vlade Hrvatske i Hipo banke zaključen Ugovor o kreditu u iznosu od 140 miliona šilinga za kupovinu i opremanje diplomatskih predstavništava.
Na taj način Sanader je za sebe pribavio protivpravnu imovinsku korist od 3,6 miliona kuna, odnosno 500.000 evra.
USKOK je u optužnici predložio da se na osnovu Zakona o postupku oduzimanja imovinske koristi ostvarene krivičnim delom i prekršajem, bivšem premijeru oduzme celokupna protivpravno stečena imovinska korist. Istraga u ovom slučaju pokrenuta je u martu ove godine.
Protiv Sanadera USKOK vodi više istraga među kojima i istragu vezanu za hrvatsku naftnu kompaniju u kojoj se tereti da je primio 10 miliona evra mita za prepuštanje upravljačkih prava hrvatske naftne kompanije INA mađarskom MOL-u.
On je takođe prvoosumnjičeni u aferi “Fimi medija” u kojoj se tereti da se udružio sa 16 ostalih osumnjičenih kako bi iz ministarstva i državnih preduzeća preko marketinške agencije Fimi medija, izvukao oko 100 miliona kuna.
Sanader se tereti i za zloupotrebu položaja i ovlašćenja u slučaju nezakonitog poslovanja Hrvatske elektroprivrede sa firmom Dioki Roberta Ježića.
Bivši premijer do sada je u ispitivanju pred hrvatskim istražiteljima u zagrebačkom zatvoru u Remetincu negirao krivicu u aferi “Fimi-medija”, kao i uzimanje provizije od Hipo banka i od MOL-a.
Ivo Sanader uhapšen je po hrvatskoj poternici 10. decembra 2010. godine u Austriji gde je sedam meseci proveo u pritvoru u Salcburgu. Hrvatskoj je izručen 18. jula i od tada se nalazi u pritvoru u Zagrebu.