Zajedno sa Haradinajem, optuženi su i njemu tada potčinjeni Idriz Baljaj i Ljah Brahimaj.
Posle prvog suđenja, Tribunal je u aprilu 2008. godine oslobodio krivice Haradinaja i Baljaja, a trećeoptuženog Brahimaja osudio je na šest godina zatvora zbog zločina nad pritvorenicima u logoru OVK u selu Jablanica kod Dečana od marta do septembra 1998.
Usvajajući žalbu tužilaštva na prvostepenu presudu, apelaciono veće Tribunala naložilo je 21. jula prošle godine da suđenje Haradinaju i saoptuženima bude ponovljeno po šest od 37 tačaka prvobitne optužnice koje se odnose na zločine nad pritvorenicima.
Odluka o ponavljanju suđenja doneta je zato što u prvom postupku nisu svedočili ključni svedoci, bivši pripadnici OVK u logoru Jablanica, Šefćet Kabaši i još jedan svedok čiji je identitet zaštićen.
Uoči novog procesa, odbrana Haradinaja tvrdi da ti svedoci neće svedočiti ni na ponovljenom suđenju.
Novom optužnicom, Haradinaju, Baljaju i Brahimaju se u šest tačaka na teret stavljaju ubistva, okrutno postupanje i nehumani postupci, kao i kršenje zakona i običaja ratovanja.
Haradinaj je uhapšen u Prištini 20. jula prošle godine i prebačen u pritvor Tribunala, gde je i sada. Drugooptuženi Baljaj je u Sheveningen prebačen iz zatvora na Kosovu, gde je služio kaznu na koju je osuđen pred lokalnim sudom.
Ponavljanje suđenja naloženo je zbog toga što na prvom procesu nisu bila saslušana dva ključna svedoka protiv optuženih koji su odbili da svedoče zato što su bili “uznemiravani” i “zastrašivani”.
Na zastrašivanje i uznemiravanje svedoka na Kosovu ukazalo je i sudsko veće u prvostepenoj presudi u kojoj je naznačeno i da su počinjeni zločini nad nealbancima i Albancima koje je OVK smatrala nelojalnim, ali ne i da je dokazana krivica Haradinaja i Baljaja.
Haradinaj je, po optužnici, od 1998. do 1999. godine bio vođa OVK u okolini Dečana, Baljaj je komandovao specijalnom jedinicom “Crni orlovi’, a Brahimaj je član glavnog štaba OVK i zapovednik pritvora za zarobljenike OVK.
Prvo suđenje Haradinaju i saoptuženima je počelo 5. marta 2007, a prvostepena presuda izrečena je 3. aprila 2008. godine. Tužioci su pred sudsko veće tokom procesa izvelo 81 svedoka, a dvojica su odbila da svedoče uprkos obavezujućem nalogu suda.
Haradinaj se dobrovoljno predao Tribunalu 9. marta 2005. neposredno pošto je podneo ostavku na dužnost premijera Kosova. Istog dana u Hag su iz Prištine prebačeni i Baljaj i Brahimaj.
U prvom pojavljivanju pred sudijama, sva trojica su odbacili krivicu.
Tribunal je na privremenu slobodu do početka suđenja, Haradinaja pustio 9. juna 2005, a kasnije mu je, na zahtev odbrane i uprkos protivljenju tužilaštva, dozvolio da u ograničenoj meri javno nastupa na Kosovu kao lider Alijanse za budućnost Kosova.