Bivši predsednik Republike Srpske je tokom pretpretresnog postupka pokušao da ospori jurisdikciju Tribunala da mu sudi, pozivajući se na sporazum koji je navodno bio sklopio s Holbrukom, ali sud je taj zahtev odbacio uz obrazloženje da takav sporazum, čak i da je zaista sklopljen, nije obavezujući za Tribunal.
Karadžić je potom prošle godine zatražio da, u slučaju da bude proglašen krivim, prilikom izricanja presude sudsko veće uzme u obzir kao olakšavajuću okolnost taj sporazum, kao i dobro ponašanje optuženog tokom boravka u pritvoru.
Karadžić je pred Tribunalom optužen za genocid, zločine protiv čovečnosti i kršenje zakona i običaja ratovanja tokom rata u Bosni i Hercegovini.
Uhapšen je 21. jula 2008. godine, a prilikom prvog pojavljivanja pred sudom izjasnio se da nije kriv ni po jednoj tački optužnice.
Suđenje mu je počelo 26. oktobra 2009. godine.