Panatinaikos i farmaceutska kompanija Vianeks, čiji je osnivač, objavili su vest o njegovoj smrti u zajedničkom saopštenju. Uzrok smrti nije objavljen. Janakopulos je tokom 25 godina na čelu Panatinaikosa ulagao velika novčana sredstva i stvorio je moćan košarkaški klub, za koji su igrali neki od najboljih evropskih košarkaša, ali i superzvezde NBA lige poput Dominika Vilkinsa i Bajrona Skota.
Vilkins je 1996. godine predvodio PAO do prve od šest titula šampiona Evrope. Pavlos Janakopulos je 2012. godine vlasništvo kluba preneo na upečatljivog sina Dimitrisa, poznatog po smelosti, ali i sukobu sa sadašnjim predsednikom Evrolige Đordijem Bertomeuom.