Stanišić, ratni ministar unutrašnjih poslova RS, i Župljanin, načelnik regionalne policije u Banjaluci, krivi su, prema rečima sudije Bartona Hola, za ubistva, progon i mučenje Muslimana i Hrvata u BiH od aprila do decembra 1992.
Haški tribunal je utvrdio da Župljanin nije kriv za njihovo istrebljenje, što mu se takođe stavljalo na teret.
Obrazlažući prvostepenu presudu, sudija predsedavajući Barton Hol rekao je da Stanišić i Župljanin nisu ništa učinili da spreče ili kazne zločine, iako su bili u poziciji da to urade.
Krivična dela za koja su Stanišić i Župljanin osuđeni u optužnici su kvalifikovana kao zločini protiv čovečnosti i kršenje zakona i običaja rata.
Oni se terete za učešće u udruženom zločinačkom poduhvatu čiji je cilj bio uklanjanje muslimana, Hrvata i drugog nesrpskog stanovništva s područja “planirane srpske države”.
Među navodnim članovima udruženog zločinačkog poduhvata bili su i Momčilo Krajišnik, Radovan Karadžić, Biljana Plavšić, general Ratko Mladić.
Stanišić se dobrovoljno predao Međunarodnom sudu u martu 2005, a Stojan Župljanin je uhapšen i prebačen u Pritvorsku jedinicu u junu 2008. godine.
Tokom dokaznog postupka tužilaštva, od septembra 2009. do februara 2011, saslušano je 127 svedoka, Stanišciheva odbrana izvela je sedam, a Župljaninova deset svedoka.
U završnoj reči, u junu prošle godine, tužilaštvo je zatražilo kazne doživotnog zatvora za obojicu optuženih.
Stanišićeva odbrana je zatražila oslobađajuću presudu, a Župljaninova oslobađanje ili minimalnu kaznu zatvora.